Muzej sadrži arheološku, balneološku, etnografsku, kulturno ‐ povijesnu, numizmatičku i povijesnu zbirku, te likovni fundus. Muzej vodi brigu o arheološkom parku Aquae Iasae i o tradicijskoj kući iz 1801. godine koja se nalazi u centru grada u kojoj je smještena etnografska zbirka. Tradicijska kuća vrijedan je spomenik hrvatske tradicijske arhitekture, pa se stoga nalazi pod zaštitom Ministarstva kulture Republike Hrvatske.
Jedan od najvrednijih muzejskih eksponata je nadaleko poznat mramorni kip rimske božice Minerve iz 2. st. p. Kr. Statua je otkrivena tijekom arheoloških istraživanja 1967.godine, pronađena je u dijelovima, zatrpana naslagama zemlje i ostacima arhitekture vlastitog joj hrama. Pronađena je zajedno s postamentom i natpisnim poljem koje upućuje na vrijeme nastanka skulpture.
SEOSKA KUĆA
Seoska drvena kuća iz 1801. godine. Na padini brijega između župnog dvora i robne kuće, smještena je ta stara drvena seoska kuća pokrivena slamom koja je ujedno i vrijedan spomenik hrvatskog pučkog graditeljstva. Danas se u kući nalazi etnografska zbirka Zavičajnog muzeja. Kuću je 1963., u jednom selu otkupio i ovdje postavio zaslužni osnivač Zavičajnog muzeja Varaždinske Toplice mr.ph. Josip Čabrijan.